O Colégio Integrado São Francisco foi inaugurado em 1997 inicialmente como uma escola de informática. Em 1998 o curso técnico teve seu início, com os cursos de enfermagem, instrumentação cirúrgica, além de ensino supletivo.
No ano de 1999, Marcos Antonio, proprietário do Colégio comprou o primeiro terreno do atual prédio da escola, com a ideia de futuras extensões. No ano de 2002, foi implantado o ensino básico com o Ensino Médio; e um ano depois, a escola passou a atender ao Ensino Fundamental II, do 6º ao 9º ano; em 2004, o Colégio passou a ser uma escola completa com a implantação da Educação Infantil. Em 2015, o ensino integral passou a fazer parte da grade horária da escola.
O nome Colégio Integrado São Francisco foi escolhido pelo fundador da escola, Marcos Antonio, que, criado dentro dos preceitos da religião católica, na adolescência, tornou-se devoto de São Francisco de Assis, santo que deu origem ao nome da escola.
O Pássaro simboliza inteligência, sabedoria, leveza e amizade e remete a São Francisco de Assis.
A cor verde significa esperança e liberdade e está associada a crescimento e renovação; assim como a cor azul significa tranquilidade, harmonia e estimula a criatividade.
O Colégio está construído em uma área de 8 mil metros quadrados, oferecendo:
